Η οξυγονοθεραπεία λειτουργεί ως συμπληρωματική θεραπεία σε κυστίτιδες και προστατίτιδες.
Η κυστίτιδα φλεγμονή της ουροδόχου κύστης, προκαλεί πόνο κατά την ούρηση, συχνή επιθυμία για ούρηση και κοιλιακό πόνο. Η οξυγονοθεραπεία με την αντιφλεγμονώδη και αντιμικροβιακή δράση της ανακουφίζει από τα συμπτώματα της κυστίτιδας ενώ μειώνει τους παθογόνους μικροοργανισμούς που την προκαλούν. Παράλληλα αυξάνει την οξυγόνωση των ιστών επιταχύνοντας την επούλωση της φλεγμονώδους περιοχής.
Η προστατίτιδα φλεγμονή του προστάτη αδένα που προέρχεται από βακτηριακή ή μη βακτηριακή αιτιολογία, προκαλεί πόνο, δυσφορία, και προβλήματα με την ούρηση. Η αντιφλεγμονώδης και αντιμικροβιακή δράση της οξυγονοθεραπείας καταπολεμά τη φλεγμονή- αν έχει βακτηριακή αιτία- και ανακουφίζει από τα συμπτώματα.